Corresponde a la instancia superior de la institución y está integrada por los Rectores de las universidades miembros.

Establece los lineamientos de CINDA y aprueba la misión, visión, principios y ejes estratégicos del Centro contenidos en el plan estratégico. En reuniones anuales, la Junta analiza y evalúa el trabajo que se ha llevado a cabo en el período anterior, establece prioridades y define las orientaciones para los programas y proyectos futuros del Centro.

La conducción y ejecución de estos programas y proyectos es responsabilidad de la Dirección Ejecutiva, que funciona con independencia de las instituciones del sistema.